Với sự mới trỗi dậy mình, đã đưa ông vào một cuộc mâu thuẫn trực tiếp với nguyên soái Zhukov, người mà ông đã từng đụng độ trong những năm chiến tranh. Ngày 8 tháng 12 năm 1955, dựa vào việc tổn thất về chiếc tàu chiến "Novorossiisk", Zhukov đã tước bớt chức danh đô đốc của ông; tháng 2 năm 1958, lại một lần nữa Kuznetsov bị hạ cấp xuống là phó đô đốc, cho nghỉ hưu và cấm tuyệt đối có "bất kỳ mọi công việc nào có liên quan đến hải quân".

Trong thời gian nghỉ hưu, ông đã viết và xuất bản rất nhiều bài báo và tiểu luận, cũng như một số tác phẩm khác, bao gồm cả những cuốn hồi ký, và cuốn "Курсом к Победе" (Đường tới chiến thắng). 

Kuznetsov còn là tác giả của một cuốn sách viết về chiến tranh, về sự ngăn chặn của Stalin, và về hải quân, những cuốn sách này được xuất bản sau khi ông mất. Trong những cuốn sách này, ông đã kịch liệt phê phán về sự can thiệp của đảng, vào những công việc nội bộ trong quân đội, và nhấn mạnh rằng, "quốc gia phải được cai trị bằng luật pháp".